과세처분은 무엇이 무너질 때 함께 무너지는가: 세무조사의 부정한 목적, 훈령 형식의 과세기준, 위임규정에 대한 한정위헌 결정

질문

고액의 과세처분을 다투는 사건에서 납세자가 세액 계산의 오류만 다투는 경우는 드뭅니다. 과세자료를 모은 세무조사가 적법했는지, 과세의 근거가 된 하위 규범이 국민을 구속하는 효력을 가지는지가 함께 다투어지고, 어느 한 축이 무너지면 세액 계산이 맞더라도 처분 전체가 흔들릴 수 있기 때문입니다.

이 글은 두 축을 나누어 묻습니다. 절차의 축에서는 세무조사가 과세자료의 수집이나 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적에서 벗어났을 때 그 조사로 모은 자료에 기초한 과세처분이 어떻게 되는가를 봅니다. 규범의 축에서는 국세청장의 훈령처럼 행정규칙 형식으로 된 과세기준이 과세의 법령상 근거가 될 수 있는지, 그 상위 위임규정에 헌법재판소의 한정위헌 결정이 있으면 시행령 조항이 어떻게 되는지를 봅니다.

대한민국헌법 제59조는 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다고 하고, 제75조는 대통령이 법률에서 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항에 관하여 대통령령을 발할 수 있다고 정합니다. 과세의 근거가 법률에서 대통령령으로, 다시 행정청 내부의 규정으로 내려갈수록 그 규정이 어떤 효력으로 납세자를 묶는지가 문제 됩니다.

세 판결은 1987년, 1996년, 2016년에 내려졌고 각각 당시의 법령을 다룹니다. 특히 1987년과 1996년의 두 판결은 같은 구 소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호를 두고 서로 다른 각도에서 다투어진 사건입니다. 이 글은 행위 당시의 법령을 기준으로 판결을 읽고, 현행 조문은 비교가 필요한 범위에서만 적습니다.

확인할 자료

절차의 축에서 먼저 볼 자료는 세무조사의 개시 경위입니다. 조사 대상 선정의 근거, 조사 통지서에 적힌 조사 사유와 기간, 조사 착수 전후 과세관청 내부의 보고와 지시 문서가 조사의 목적을 보여 줍니다. 2016두47659 판결이 문제 삼은 것은 조사의 목적이므로, 형식상 요건을 갖추었는지보다 조사가 왜 그 시점에 그 대상에게 시작되었는지를 보여 주는 자료가 중심이 됩니다.

다음으로 세무조사 과정의 기록을 봅니다. 현행 국세기본법 제81조의2 제3항은 세무공무원이 세무조사를 시작할 때 조사원증을 제시하고 납세자권리헌장을 교부하며 조사사유, 조사기간, 권리구제 절차 등을 설명하도록 정합니다. 이 절차가 지켜졌는지는 목적 위반과는 별개의 쟁점이지만, 조사 사유를 어떻게 설명했는지는 목적 판단의 자료가 될 수 있습니다.

세 번째는 수집된 과세자료와 과세처분의 연결입니다. 과세처분의 근거가 된 자료가 문제 된 세무조사에서 나온 것인지, 별도의 적법한 경로로도 확보된 것인지를 자료별로 정리합니다. 판결요지가 말하는 것은 그러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분의 위법이므로, 자료의 출처는 처분의 운명과 직결됩니다.

규범의 축에서는 과세 근거 규범의 위임 사슬을 그립니다. 법률 조항이 무엇을 대통령령에 위임했는지, 대통령령이 다시 어느 행정기관에게 무엇을 정하게 했는지, 그 행정기관이 어떤 형식의 규정으로 그 내용을 정했는지를 단계별로 적습니다. 86누484 판결에서는 소득세법의 위임, 시행령의 지정 권한 부여, 국세청장 훈령인 재산제세사무처리규정의 거래 유형 열거가 이 사슬을 이루었습니다.

다섯 번째는 위임 조항이 권한 행사의 절차나 방법을 특정했는지입니다. 86누484 판결은 시행령이 지정의 절차나 방법에 관하여 아무런 제한을 두지 않았다는 점을 근거로 훈령 형식의 보충을 인정했습니다. 위임 조항이 특정 형식을 요구하고 있다면 판단이 달라질 수 있으므로 위임 문언을 원문으로 확인해야 합니다.

마지막으로 헌법재판소 결정의 주문과 형식을 확인합니다. 법률 조항의 효력을 상실시키는 위헌 결정인지, 특정한 해석에 한하여 위헌이라고 선언하는 한정위헌 결정인지에 따라 95누11405 판결의 논리가 적용되는지가 갈립니다. 현행 헌법재판소법 제47조 제1항은 법률의 위헌결정이 법원과 그 밖의 국가기관 및 지방자치단체를 기속한다고 정하고, 제2항은 위헌으로 결정된 법률 조항이 결정이 있는 날부터 효력을 상실한다고 정합니다.

가능한 해석

첫째 해석은 세무조사의 목적 위반을 과세처분의 독립된 취소 사유로 보는 읽기입니다. 2016두47659 판결은 국세기본법 제81조의4 제1항이 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다고 보았으므로, 이 읽기에서는 세액이 실체적으로 맞더라도 부정한 목적의 조사로 수집한 자료에 기초한 처분은 위법하다고 봅니다.

둘째 해석은 목적 위반의 증명이 어려운 만큼 판결의 적용 범위를 좁게 보는 읽기입니다. 판결요지는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 경우를 말하므로, 본연의 목적과 다른 동기가 함께 있었던 경우까지 곧바로 위법으로 보기는 어렵다는 견해가 가능합니다. 이 경우 목적의 주된 성격을 무엇으로 판단하는지가 다툼의 중심이 됩니다.

셋째는 위법한 조사로 수집한 자료의 범위에 관한 읽기입니다. 문제 된 조사에서 나온 자료만 배제되고 독립된 경로로 확보한 자료에 기초한 처분은 유지될 수 있다는 견해와, 부정한 목적의 조사가 개시된 이상 그 조사와 연결된 처분 전체가 위법하다는 견해가 갈릴 수 있습니다. 판결요지는 조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 처분이 위법하다고 할 뿐, 다른 경로의 자료가 섞인 경우를 따로 다루지 않습니다.

넷째는 훈령 형식의 과세기준에 관한 읽기입니다. 86누484 판결에 따르면 행정규칙은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가지지만, 법령이 특정 행정기관에게 구체적 사항을 정할 권한을 부여하면서 절차나 방법을 특정하지 않은 경우에는 위임한계 안에서 법령과 결합하여 법규명령으로서의 효력을 가집니다. 이를 조세법률주의 아래에서 예외로 좁게 읽는 견해와, 기술적 사항의 보충에서는 일반적으로 허용되는 방식으로 읽는 견해가 있을 수 있습니다.

다섯째는 한정위헌 결정의 효력에 관한 읽기입니다. 95누11405 판결은 한정위헌 결정에 표현된 법률해석에 관한 견해가 법원에 전속된 법령 해석·적용 권한에 기속력을 가질 수 없다고 보았습니다. 이 판결을 따르면 문언이 그대로 존속하는 위임규정과 그에 따른 시행령 조항의 효력은 대법원이 최종적으로 판단하게 되고, 헌법재판소법 제47조 제1항의 기속력을 한정위헌 결정에도 미친다고 보는 입장과는 정면으로 갈립니다.

여섯째는 위임 범위의 해석에 관한 읽기입니다. 95누11405 판결은 위임 조항이 대통령령에 위임하는 사항의 범위를 명시적으로 특정하지 않았더라도 내재적인 위임의 범위나 한계가 인정될 수 있다고 하고, 위임이 납세자에게 유리한 경우만으로 한정된다는 해석을 받아들이지 않았습니다. 이를 입법 연혁과 목적에서 위임 범위를 읽어 내는 일반적 방법으로 보는 견해와, 그 사건의 시행령 조항에 한정된 판단으로 보는 견해가 나뉠 수 있습니다.

판결이 밝힌 것

대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결은 당시 국세기본법 제81조의4 제1항을 인용하면서 이 조항이 세무조사의 적법 요건으로 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용의 금지 등을 규정하고 있고 "이는 법치국가원리를 조세절차법의 영역에서도 관철하기 위한 것으로서 그 자체로서 구체적인 법규적 효력을 가진다"고 했습니다. 이어 "세무조사가 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증이라는 본연의 목적이 아니라 부정한 목적을 위하여 행하여진 것이라면 이는 세무조사에 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 이러한 세무조사에 의하여 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분 역시 위법하다"고 했습니다. 그 이유로 남용이나 오용을 막지 못하면 납세자의 영업활동 및 사생활의 평온이나 재산권을 침해하고 과세권의 중립성과 공공성 및 윤리성을 의심받게 된다는 점을 들었습니다. 주문은 상고를 기각하고 상고비용을 피고가 부담하도록 한 것입니다.

대법원 1987. 9. 29. 선고 86누484 판결은 행정규칙이 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐이지만, 법령이 권한행사의 절차나 방법을 특정하지 않고 특정 행정기관에게 법령 내용의 구체적 사항을 정할 권한을 부여한 경우의 행정규칙은 "당해 법령의 위임한계를 벗어나지 아니하는 한 그것들과 결합하여 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로서의 효력을 갖게 된다"고 했습니다. 그리고 국세청장이 재산제세사무처리규정 제72조 제3항에서 실지거래가액이 적용될 거래 유형을 열거한 것은 "비록 위 재산제세사무처리규정이 국세청장의 훈령형식으로 되어 있다 하더라도" 소득세법 시행령의 위임에 따라 그 내용을 보충하면서 대외적 효력을 발생하므로, 위임한계를 벗어났다는 등 특별한 사정이 없는 한 양도소득세의 실지거래가액에 의한 과세의 법령상 근거가 된다고 했습니다. 주문은 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송하는 것이었습니다.

대법원 1996. 4. 9. 선고 95누11405 판결은 한정위헌 결정이 있더라도 법률 조항의 문언이 달라지지 않은 채 존속하는 이상 그 결정은 법률해석이라고 이해할 수밖에 없고, 법령의 해석·적용 권한은 대법원을 최고법원으로 하는 법원에 전속한다고 했습니다. 그러므로 "한정위헌 결정에 표현되어 있는 헌법재판소의 법률해석에 관한 견해는 법률의 의미·내용과 그 적용범위에 관한 헌법재판소의 견해를 일응 표명한 데 불과하여" 법원의 해석·적용 권한에 영향을 미치거나 기속력을 가질 수 없다고 했습니다. 위임규정에 대한 한정위헌 결정이 있는 경우에도 문언이 존속하는 이상 그 위임취지에 따라 제정된 대통령령 조항은 의연히 존속한다고 보았고, 판결요지가 언급한 헌법재판소 1995. 11. 30. 선고 94헌바40, 95헌바13 한정위헌 결정과 같은 해석을 따르지 않은 채 구 소득세법의 위임 조항과 구 소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호가 조세법률주의와 포괄위임금지원칙에 위배되지 않는다는 종전 견해를 유지했습니다. 주문은 상고를 모두 기각하는 것이었습니다.

실무 확인 질문표

세무조사의 개시 사유가 문서로 남아 있는가. 그 사유가 과세자료의 수집이나 신고내용의 검증과 연결되는가, 아니면 조사 대상자에 대한 다른 목적을 보여 주는 정황이 있는가. 정황이 있다면 그것이 본연의 목적과 함께 있었던 부수적 동기인지, 조사를 이끈 부정한 목적인지를 구별할 자료가 무엇인지 적어 둡니다.

과세처분의 근거 자료가 문제 된 조사에서만 나왔는가. 같은 사실을 보여 주는 자료가 신고서, 다른 기관의 통보, 별도의 적법한 조사 등 독립된 경로로도 확보되었는지 자료별로 표시하고, 판결요지가 말하는 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분의 범위에 어느 자료가 들어가는지를 확인합니다.

과세의 근거가 된 규범이 법률, 대통령령, 부령, 고시나 훈령 가운데 어느 형식인가. 행정규칙 형식이라면 상위 법령이 그 행정기관에게 구체적 사항을 정할 권한을 주었는지, 권한행사의 절차나 방법을 특정했는지, 규정 내용이 위임한계 안에 있는지를 차례로 확인합니다.

과세 근거 조항이나 그 위임규정에 헌법재판소 결정이 있었는가. 있었다면 주문이 단순위헌인지 한정위헌인지, 결정 이후 법률 문언이 바뀌었는지를 확인하고, 사건에 적용되는 행위 당시 법령의 문언을 기준으로 다툼의 구도를 정리합니다.

용어풀이

세무조사권 남용 금지: 현행 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무공무원이 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다고 정합니다. 현행 조문은 괄호에서 조세범칙조사를 세무조사에 포함한다고 밝히고 제1항에 2018. 12. 31. 개정 표시가 붙어 있는데, 2016두47659 판결이 인용한 당시 조문에는 이 괄호가 없습니다.

행정규칙: 상급행정기관이 하급행정기관에 대하여 업무처리지침이나 법령의 해석적용에 관한 기준을 정하여 발하는 규정입니다. 훈령, 예규, 고시 등의 이름으로 발령되며, 86누484 판결은 이를 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가지는 것으로 보았습니다.

법령보충적 행정규칙: 법령이 특정 행정기관에게 구체적 사항을 정할 권한을 부여하고 그 기관이 행정규칙 형식으로 그 내용을 정한 경우, 위임한계 안에서 법령과 결합하여 대외적 구속력을 가지는 규정을 가리키는 설명상의 표현입니다. 판결요지는 이를 행정규칙의 일반적 효력이 아니라 위임한 법령 규정의 효력에 의한 것으로 설명합니다.

한정위헌 결정: 헌법재판소가 법률 조항의 효력을 상실시키지 않고 특정한 해석기준을 제시하면서 그러한 해석에 한하여 위헌이라고 선언하는 결정입니다. 95누11405 판결은 이 결정이 법률 문언을 바꾸지 않는다는 점에 주목하여 법원의 해석 권한에 대한 기속력을 부정했습니다.

출처와 한계

조문은 2026년 10월 16일 국가법령정보센터의 현행 국세기본법 제81조의2, 제81조의4, 대한민국헌법 제59조, 제75조, 제101조, 제103조, 헌법재판소법 제47조 원문으로 확인했습니다. 국세기본법 제81조의4는 2026. 9. 29. 일부개정 법률이 시행 중인 판으로 조회되었습니다.

판결은 국가법령정보센터 판결 원문의 판시사항, 판결요지, 주문의 범위에서만 다루었습니다. 2016두47659 판결에서 세무조사의 부정한 목적이 구체적으로 무엇이었는지, 86누484 판결의 원심이 어떤 이유로 과세처분을 취소했는지는 판결요지에 나타나지 않으므로 적지 않았습니다.

구 소득세법 제23조 제4항, 제45조 제1항 제1호, 구 소득세법 시행령 제170조 제4항 제2호, 재산제세사무처리규정 제72조 제3항의 당시 원문과 판결요지가 언급한 헌법재판소 결정의 원문은 대조하지 않았습니다. 이들 규정의 내용은 판결요지가 서술한 범위에서만 옮겼습니다.

남는 쟁점

부정한 목적의 증명 방법과 그 증명책임의 소재는 판결요지만으로 분명하지 않습니다. 조사의 목적은 과세관청 내부에서 형성되므로, 납세자가 어떤 정황까지 제시하면 목적 위반이 인정되는지, 과세관청이 본연의 목적을 어느 정도로 소명해야 하는지는 별도의 판단을 기다립니다.

현행 제81조의4 제1항이 조세범칙조사를 세무조사에 포함한다고 밝힌 뒤, 2016두47659의 법리가 조세범칙조사로 수집한 자료와 그에 기초한 과세처분에도 같은 방식으로 적용되는지, 나아가 형사절차에서 그 자료의 증거능력과 어떻게 연결되는지는 남는 문제입니다.

86누484의 법리는 위임 조항이 권한행사의 절차나 방법을 특정하지 않은 경우를 전제로 합니다. 위임 조항이 대통령령이나 부령처럼 특정 형식을 정한 경우 훈령이나 고시로 정한 기준의 효력이 어떻게 되는지는 이 판결이 직접 답하지 않으며, 조세 분야에서 이 경계가 어떻게 그어지는지는 다른 판결과 함께 읽어야 합니다.

95누11405 판결은 한정위헌 결정의 기속력을 부정했습니다. 이 판결 이후 헌법재판소와 법원 사이에서 한정위헌 결정의 효력이 어떻게 다루어졌는지, 그것이 재심이나 다른 구제 절차와 어떻게 연결되는지는 이 글에서 확인하지 않았으므로 열린 쟁점으로 남깁니다.

다시 볼 조건

국세기본법 제81조의4의 세무조사권 남용 금지나 재조사 제한, 제81조의2의 조사 개시 절차가 개정되면 절차의 축에 관한 읽기를 다시 대조합니다. 헌법재판소법 제47조의 위헌결정 효력 규정이 바뀌거나 한정위헌 결정의 효력에 관한 명문 규정이 생기는 경우도 같습니다.

대법원이 세무조사의 목적 위반, 행정규칙 형식 과세기준의 대외적 효력, 한정위헌 결정의 효력에 관하여 새로운 판단을 내리면 판시사항과 판결요지의 범위에서 판결이 밝힌 것 항목에 더하고, 세 판결과의 관계를 다시 적습니다.

다룬 법령

• 국세기본법 제81조의2, 제81조의4
• 대한민국헌법 제59조, 제75조, 제101조, 제103조
• 헌법재판소법 제47조

다룬 판결

• 대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 · 판정대장
• 대법원 1987. 9. 29. 선고 86누484 판결 · 판정대장
• 대법원 1996. 4. 9. 선고 95누11405 판결 · 판정대장

검증 상태

인용 조문(국세기본법 제81조의2, 제81조의4, 대한민국헌법 제59조, 제75조, 제101조, 제103조, 헌법재판소법 제47조)은 2026년 10월 16일 국가법령정보센터 현행 원문과 대조했습니다. 인용 판결(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659, 대법원 1987. 9. 29. 선고 86누484, 대법원 1996. 4. 9. 선고 95누11405)은 국가법령정보센터 판결 원문의 판시사항, 판결요지, 주문과 대조했습니다. 구 소득세법과 구 소득세법 시행령, 재산제세사무처리규정의 당시 원문은 대조하지 않았습니다.