사용료 소득의 실질귀속자와 조세조약 적용, 시행령 위임 한계 — 조세 대법원 세 판결의 판단 기준

질문

특허권 사용료 원천징수에서 실질귀속자와 국내원천소득 해당 여부를 가리는 순서, 조세조약과 국내 세법의 적용 관계, 부가가치세 과세표준 및 부가가치세법 시행령의 위임입법 한계를 세 판결로 정리한다.

첫째 쟁점은 2019두50946 판결이 다룬 물음, 곧 "삼성전자와 맺은 안드로이드 기기당 사용료 중 국내 미등록 특허권 대가가 국내원천소득인가?"이고, 둘째 쟁점은 2016두42883 판결이 다룬 "아일랜드 법인을 거쳐 지급된 특허 사용료의 실질귀속자와 미등록 특허 대가의 국내원천소득 해당 여부가 문제된 사건에서 과세 처분 기준은 무엇인가?"이다.

셋째 쟁점은 2025두34707 판결이 다룬 "온라인몰의 신용카드 제휴 포인트 결제를 과세표준에 포함할 수 있는가?"이며, 세 판결 모두 문언의 경계와 실질적 판단 요소를 기록 위에서 어떻게 가릴 것인지를 묻는다.

확인할 자료

첫째(2019두50946), 이 판결은 원천징수된 법인세와 관련해 국내원천소득의 실질귀속자가 구 국세기본법 제45조의2 제1항과 제4항 제3호에 따라 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있는지를 다룬다. 실질귀속자에 해당하는지와 원천징수된 세액의 범위를 확인하려면 원천징수영수증에 적힌 과세표준과 세액을 살핀다. 원천징수의무자의 납부 사실과 지급명세서의 제출기한 준수 여부는 제출 기록으로 확인한다.

둘째(2016두42883), 이 판결은 재산의 귀속 명의와 실질이 달라 조세를 회피하려는 경우 재산 소득의 납세의무자를 누구로 볼지와 이 원칙이 조세조약의 해석과 적용에도 그대로 적용되는지를 다룬다. 명의자의 지배와 관리 능력 여부와 실질적인 지배와 관리 관계를 확인하려면 재산의 귀속 명의를 보여주는 등록 자료와 실제 운영과 지배를 보여주는 기록을 살핀다. 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었는지는 거래 경위와 지급 내역을 담은 자료로 확인한다.

셋째(2025두34707), 이 판결은 법률의 위임 없이 시행령으로 납세의무에 관한 기본적 사항을 정할 수 있는지와 마일리지 등으로 결제한 부분의 공급가액 포함 여부를 다룬다. 마일리지 적립과 사용 및 사업자 사이 정산 구조를 확인하려면 업무제휴협약과 포인트 적립과 사용 내역 및 정산 기록을 살핀다. 과세표준 신고 내용과 경정청구 및 거부처분의 경위는 신고서와 청구서와 처분서로 확인한다.

가능한 해석

2019두50946 사건에서는 원천징수의무자가 원천징수한 법인세 납부와 관련하여 국내원천소득의 실질귀속자가 구 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구를 할 수 있는지, 국내에 등록되지 않은 미국법인 특허권과 관련해 지급받은 소득이 국내원천소득인지, 그리고 경정거부처분 취소소송에서 처분사유를 교환·변경할 수 있는지가 쟁점이 되었다.

2016두42883 사건에서는 명의와 실질이 괴리된 재산에서 생긴 소득의 납세의무자가 누구인지와 그 원칙이 조세조약의 해석과 적용에도 적용되는지, 그리고 국내에 등록되지 않은 미국법인 특허권과 관련해 지급받은 소득이 국내원천소득인지가 쟁점이 되었다.

2025두34707 사건에서는 시행령이 법률의 위임 없이 법률이 정한 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 새로운 내용을 정할 수 있는지, 모법의 위임 범위와 그 한계를 판단하는 방법, 그리고 법률의 위임 없이 행정입법으로 납세의무에 관한 사항을 정할 수 있는지가 쟁점이 되었다.

판결이 밝힌 것

대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결은 다음과 같이 판시했다. "경정거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이다." 이 판결을 통해 대법원은 원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세 원칙에 따라 실질귀속자를 기준으로 원천징수할 의무가 있으므로 소득의 실질귀속자에게 구 국세기본법 제45조의2 제1항과 제4항 제3호에 따른 경정청구권이 있다고 본다. 국외 등록에 그친 미국법인 특허권 등이 국내 제조와 판매 등에 쓰였어도 한미조세협약이 우선하므로 국내원천소득 해당 여부는 한미조세협약 제6조 제3항과 제14조 제4항에 따라 가려야 한다. 특허권의 속지주의상 특허실시권은 등록국 영역에서만 효력이 미치므로 국내 미등록 특허권 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판단하고 기타소득 주장도 받아들이지 않는다. 경정거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청은 사실심 변론종결 때까지 동일성이 유지되는 범위에서 사유를 교환하고 변경할 수 있다.

대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결은 다음과 같이 판시했다. "따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다." 이 판결을 통해 대법원은 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세 원칙상 명의자에게 지배·관리 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있으며 괴리가 조세 회피 목적에서 비롯되면 그 지배·관리자에게 소득이 귀속된다고 판단하였다. 이 원칙은 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약 해석과 적용에도 그대로 적용된다. 한미조세협약 제6조 제3항과 제14조 제4항은 속지주의에 따라 국내에 특허권을 등록한 경우 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정한다. 국외에서 등록하였을 뿐 국내에 등록하지 않은 특허권과 관련한 소득은 사용 대가가 될 수 없어 국내원천소득으로 볼 수 없다.

대법원 2026. 7. 22. 선고 2025두34707 전원합의체 판결은 다음과 같이 판시했다. "위와 같은 판단 결과 법규명령의 내용이 객관적으로 확정된 법률의 위임 범위나 한계 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지 않는다." 이 판결을 통해 대법원은 시행령이 법률의 위임 없이 개인의 권리와 의무를 바꾸거나 법률에 없는 새 내용을 정할 수 없다는 기준을 밝혔다. 2017년 개정 전 법에는 마일리지 결제 거래를 공급가액에 포함한다는 근거가 없으므로 제3자 적립분을 포함한 시행령 조항은 위임 범위를 벗어나 무효라고 판단하였다. 2017년 12월 19일 법률 개정으로 부가가치세법 제29조 제3항 제6호에 마일리지 결제 거래 문구가 들어가 2018년 1월 1일부터 위임 근거가 마련되었다고 보았다. 그 뒤에는 사업자 사이 정산금 상당액을 공급과 대가관계에 있다고 평가할 수 있어 개정 전후 시행령 조항이 모두 유효하다고 인정하였다.

실무 확인 질문표

첫째, 삼성전자와 맺은 안드로이드 기기당 사용료 중 국내 미등록 특허권 대가가 국내원천소득인가? 기록에서 특허권의 국내 등록 여부와 사용 대가의 지급 경위를 등록 자료와 지급 내역으로 확인하고 한미조세협약에 따른 국내원천소득 해당 여부를 점검한다.

둘째, 아일랜드 법인을 거쳐 지급된 특허 사용료의 실질귀속자와 미등록 특허 대가의 국내원천소득 해당 여부가 문제된 사건에서 과세 처분 기준은 무엇인가? 기록에서 명의자의 지배와 관리 능력과 실질적인 지배와 관리 관계 및 조세 회피 목적의 유무를 관련 기록으로 확인하고 특허권의 국내 등록 여부에 따른 국내원천소득 해당 여부를 점검한다.

셋째, 온라인몰의 신용카드 제휴 포인트 결제를 과세표준에 포함할 수 있는가? 기록에서 업무제휴협약에 따른 포인트 적립과 사용 및 사업자 사이 정산 구조와 공급가액 신고 내역을 확인하고 마일리지 등으로 결제한 부분의 과세표준 포함 여부를 관계 법령의 위임 범위에 따라 점검한다.

용어풀이

원천징수된 사용료의 실질귀속자와 국내원천소득 범위를 가리는 순서(2019두50946): 대법원은 원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세 원칙에 따라 실질귀속자를 기준으로 원천징수할 의무가 있으므로 소득의 실질귀속자에게 구 국세기본법 제45조의2 제1항과 제4항 제3호에 따른 경정청구권이 있다고 본다. 국외 등록에 그친 미국법인 특허권 등이 국내 제조와 판매 등에 쓰였어도 한미조세협약이 우선하므로 국내원천소득 해당 여부는 한미조세협약 제6조 제3항과 제14조 제4항에 따라 가려야 한다. 특허권의 속지주의상 특허실시권은 등록국 영역에서만 효력이 미치므로 국내 미등록 특허권 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판단하고 기타소득 주장도 받아들이지 않는다. 경정거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청은 사실심 변론종결 때까지 동일성이 유지되는 범위에서 사유를 교환하고 변경할 수 있다. 판단 요소로는 특허권의 국내 등록 여부, 등록국 영역에서의 효력, 사용 대가 해당 여부 등이 제시된다.

실질귀속자 판단과 조세조약 우선 적용에 따른 국내원천소득 구분 기준(2016두42883): 대법원은 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세 원칙상 명의자에게 지배·관리 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있으며 괴리가 조세 회피 목적에서 비롯되면 그 지배·관리자에게 소득이 귀속된다고 판단하였다. 이 원칙은 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약 해석과 적용에도 그대로 적용된다. 한미조세협약 제6조 제3항과 제14조 제4항은 속지주의에 따라 국내에 특허권을 등록한 경우 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정한다. 국외에서 등록하였을 뿐 국내에 등록하지 않은 특허권과 관련한 소득은 사용 대가가 될 수 없어 국내원천소득으로 볼 수 없다. 판단 요소로는 실질적인 지배와 관리 관계, 조세 회피 목적, 조약의 특별 규정 여부 등이 제시된다.

시행령을 통한 과세범위 확대와 조세법률주의 위임 한계(2025두34707): 대법원은 시행령이 법률의 위임 없이 개인의 권리와 의무를 바꾸거나 법률에 없는 새 내용을 정할 수 없다는 기준을 밝혔다. 2017년 개정 전 법에는 마일리지 결제 거래를 공급가액에 포함한다는 근거가 없으므로 제3자 적립분을 포함한 시행령 조항은 위임 범위를 벗어나 무효라고 판단하였다. 2017년 12월 19일 법률 개정으로 부가가치세법 제29조 제3항 제6호에 마일리지 결제 거래 문구가 들어가 2018년 1월 1일부터 위임 근거가 마련되었다고 보았다. 그 뒤에는 사업자 사이 정산금 상당액을 공급과 대가관계에 있다고 평가할 수 있어 개정 전후 시행령 조항이 모두 유효하다고 인정하였다. 판단 요소로는 입법 목적과 규정 체계, 위임 내용의 예측 가능성, 새로운 입법 해당 여부 등이 제시된다.

출처와 한계

이 백서는 국가법령정보센터에 공개된 국세기본법 제14조 제1항, 제18조, 법인세법 제60조 제9항, 제93조 제8호, 제98조, 부가가치세법 제29조 제1항·제3항·제5항 원문과 대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883, 대법원 2026. 7. 22. 선고 2025두34707 판결문만을 근거로 작성했다.

일반적인 법리 및 기록 검토 기준을 정리한 학술 연구 자료이며, 개별 사건에 대한 법률 자문이나 법원 제출 의견이 아니다.

남는 쟁점

2019두50946: 국내 등록 없이 쓰인 특허 대가가 국내원천소득이 아니라면 원천징수된 세액 중 정당한 세액은 어디까지인가?

2016두42883: 지배·관리 구조와 등록 국가 기준이 겹칠 때 실질귀속과 국내원천소득 판단은 어떤 순서로 정리되어야 하는가?

2025두34707: 법률 개정으로 위임 근거가 생긴 뒤에도 과세범위 확대를 어디까지 인정할 것인가?

다시 볼 조건

2019두50946: 이 사건 사용료에 저작권과 노하우 및 영업상 비밀 대가가 섞여 있음이 밝혀지면 다시 본다.

2016두42883: 명의자의 독자적 지배·관리 능력이나 조세 회피 아닌 목적이 기록상 확인되면 실질귀속 판단을 다시 본다.

2025두34707: 모법 문언이 다시 바뀌어 위임 범위가 달라지면 판단을 다시 본다.

다룬 법령

• 국세기본법 제14조 제1항, 제18조
• 법인세법 제60조 제9항, 제93조 제8호, 제98조
• 부가가치세법 제29조 제1항·제3항·제5항

다룬 판결

• 대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결 · 판정대장
• 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 · 판정대장
• 대법원 2026. 7. 22. 선고 2025두34707 전원합의체 판결 · 판정대장

검증 상태

인용 조문(국세기본법 제14조 제1항, 제18조, 법인세법 제60조 제9항, 제93조 제8호, 제98조, 부가가치세법 제29조 제1항·제3항·제5항)과 다룬 판결(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883, 대법원 2026. 7. 22. 선고 2025두34707)은 2026-10-15 기준 국가법령정보센터 현행 법령 및 대법원 판결 원문과 대조했습니다. 이 백서는 다룬 판결에 적은 세 판결만 인용합니다.