고유목적사업준비금의 실제 손금산입이 수입배당금액 익금불산입 특례 적용을 가른다

교차 계열 AI 독립 판독 및 축별 대조

8개 축 중 6개 축 일치 GPT-6 Astra (OpenAI, codex CLI) · 2026-10-24

다른 계열 AI(GPT-6 Astra)가 1차 판독을 보지 않고 원문만 읽은 독립 판독과 대조한 결과 8개 축 중 6개 축이 일치했고, 제6축(선례 관계), 제8축(남은 물음과 재검토 조건)에서 읽기가 갈렸습니다.

원 응답과 대조 기록: 실행 조건 · 블라인드 판독 원본(JSONL) · 축별 대조 원본(JSONL) · SHA-256 목록(JSON)

심급별 판단 구조 및 선례 적용 범위(Distinguishing)

원심 판단과 대법원 법리의 대조

심급별 쟁점 배경: 원심인 서울고등법원(춘천재판부) 2022. 2. 9. 선고 (춘천)2020누904 판결은 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따라 설립된 비영리내국법인인 원고가 2011 사업연도에 74,728,800,000원, 2012 사업연도에 70,106,400,000원의 배당금을 받고 그 일부를 고유목적사업에 직접 지출한 뒤 이를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하였다고 보았습니다. 구 법인세법 제29조에 따라 실제 손금에 산입한 경우에는 손금산입되지 아니한 부분에 대해서도 제18조의3을 적용할 수 없으나, 실제 손금산입을 하지 아니한 이상 특례 적용이 일률적으로 배제되지 않는다고 판단하고, 2011 사업연도 법인세에 대한 경정거부처분 중 일부를 위법하다고 하였습니다.

대법원의 판단 기준: 대법원은 구 법인세법 제29조와 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 적용 대상에 관한 원심 판단과 원고의 제2 상고이유 배척이 정당하여 그 부분에 잘못이 없다고 보았습니다. 다만 구 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청구 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 하여, 고유목적사업준비금은 결산조정사항으로 이미 손금에 산입한 뒤 수입배당금액의 익금불산입을 얻겠다고 소급적으로 철회할 수 없는 이상 경정청구가 허용되지 않는다는 이유로 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하여 서울고등법원에 환송하고, 원고의 상고는 기각했습니다.

선례 적용 시 구별할 사안의 경계(Distinguishing)

• 어느 사업연도에도 고유목적사업준비금을 실제 손금에 산입하지 않은 비영리내국법인인 경우
• 구 법인세법 제18조의2를 적용받는 수입배당금액으로서 제18조의3의 특례 대상에서 제외되는 경우
• 법령상 다른 정함이 있다는 등의 특별한 사정으로 고유목적사업준비금의 손금산입 철회가 허용되는 경우

기록 대조 및 검토 사항

각 사업연도에 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입한 금액이 있는지 살핍니다. 한 건이라도 있으면 수입배당금액 전체에 특례가 배제되기 때문입니다. 또한 같은 조 제2항에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보게 된 금액이 있는 경우에도 결산 반영 후 소급 철회는 원칙적으로 허용되지 않는지 살핍니다. 이어 2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 법인세법과 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 시행령, 2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 국세기본법이 적용되는지 확인합니다.

판결 원문 발췌

판시사항

[1] 고유목적사업준비금을 실제 손금에 산입하지 않은 구 법인세법 제29조에 따른 손금산입 특례 대상인 비영리내국법인의 경우, 구 법인세법 제18조의3 제1항의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있는지 여부(적극) / 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출한 금액의 일부를 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입한 경우, 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있는지 여부(소극) [2] 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입 적용을 선택하여 이를 이미 결산에 반영 후 나중에 소급적으로 철회하는 것이 허용되는지 여부(원칙적 소극) 및 이는 구 법인세법 제29조 제2항에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보게 되는 경우에도 마찬가지인지 여부(적극) / 납세자인 비영리내국법인이 이러한 소급적 철회를 내세워 구 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구를 할 수 있는지 여부(원칙적 소극)

판결요지

[1] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의3 제1항, 제3항, 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제4항의 문언 및 체계와 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 산입하지 않은 비영리내국법인에 해당하는 경우 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있다. 즉, 구 법인세법 제29조에 따른 손금산입 특례 대상인 비영리내국법인이라 하더라도 고유목적사업 등에 지출된 금액을 실제로 고유목적사업준비금으로 손금계상하지 않았다면, 이때는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항이 정하는 수입배당금액 익금불산입 특례 제외 대상인 ‘구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인’이 아니라고 봄이 타당하다. 반면 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액에 대하여 일부라도 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입하였다면, 수입배당금액 가운데 그와 같이 손금산입되지 아니한 부분이 남아 있더라도, 이에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 제1항의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 없다고 보아야 한다. [2] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금은, 비영리내국법인이 결산에 반영하여 손금으로 계상하였을 때에는 이를 손금으로 보고, 결산에 반영하지 아니하여 손금으로 계상하지 않은 경우에는 손금으로 보지 않는 이른바 ‘결산조정사항’에 해당한다. 그리고 어느 비영리내국법인이 구 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할지, 같은 법 제18조의3에 따라 수입배당금액의 익금불산입을 할지는, 해당 비영리내국법인의 선택에 달려 있다. 그러므로 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입 적용을 선택하여 이를 이미 결산에 반영하여 손금으로 계상한 이상, 수입배당금액의 익금불산입을 적용받겠다고 나중에 번의하여 고유목적사업준비금의 손금산입을 소급적으로 철회하는 것은, 구 법인세법 제29조 제1항에서 고유목적사업준비금을 결산조정사항으로 정한 취지에 반하여 법령상 다른 정함이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 허용될 수 없다. 이는 구 법인세법 제29조 제2항에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보게 되는 경우에도 마찬가지이다. 나아가 납세자인 비영리내국법인이 이러한 소급적 철회를 내세워 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 소정의 경정청구를 하는 것도 다른 특별한 사정이 없는 한 불가능하다고 보아야 한다.

주문

원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 상고를 기각한다.

참조조문

[1] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제18조의3(현행 제18조의2 참조), 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제17조의3 제4항(현행 법인세법 제18조의2 제1항 참조) / [2] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제29조 제1항, 제2항(현행 제29조 제3항 참조), 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항