실질적으로 비의료인이 운영한 의료기관의 용역과 부가가치세 과세표준

교차 계열 AI 독립 판독 및 축별 대조

8개 축 중 8개 축 일치 GPT-6 Astra (OpenAI, codex CLI) · 2026-10-24

다른 계열 AI(GPT-6 Astra)가 1차 판독을 보지 않고 원문만 읽은 독립 판독과 대조한 결과 8개 축이 모두 일치했습니다.

원 응답과 대조 기록: 실행 조건 · 블라인드 판독 원본(JSONL) · 축별 대조 원본(JSONL) · SHA-256 목록(JSON)

심급별 판단 구조 및 선례 적용 범위(Distinguishing)

원심 판단과 대법원 법리의 대조

심급별 쟁점 배경: 원심인 대전고등법원 2025. 12. 9. 선고 2024누12151 판결은 의료법인인 원고 명의로 개설된 의료기관이 실질적으로 비의료인인 소외인에 의해 개설·운영되었으므로 그 기관에서 제공된 의료보건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 면제 대상인 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 않는다고 보았습니다. 부당이득징수금을 납부하지 않아 그에 대한 경제적 이익을 향수하고 있는 이상 해당 금액은 과세표준에서 제외되지 않는다고 보았고, 원고의 소득이 소외인에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없으며, 회계장부 조작 등 적극적 행위가 없이 신고를 하지 아니한 것뿐이므로 10년의 부과제척기간이 적용되지 않고 무신고에 따른 7년의 부과제척기간이 경과한 뒤의 부가가치세 부과처분은 위법하여 취소된다고 판단했습니다.

대법원의 판단 기준: 대법원은 원심 판단에 잘못이 없다고 보았습니다. 실질적으로 비의료인이 개설·운영한 의료기관에서 제공된 용역이 면제 대상이 아니라는 판단을 수긍하였고, 부당이득징수금에 관한 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 부분은 있으나 해당 요양급여비용이 과세표준에 포함되어야 한다는 결론은 정당하다고 보았습니다. 실질과세의 원칙과 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 의미에 관한 법리를 오해한 잘못도 없다고 하여 원고의 상고와 피고의 상고를 모두 기각했습니다.

선례 적용 시 구별할 사안의 경계(Distinguishing)

• 의료법에 따른 의사 등이 실제로 의료기관을 개설·운영하며 공급의 주체가 되어 제공하는 의료보건 용역인 경우
• 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있게 하는 특별한 사정이 있는 경우, 본 결정이 ‘특별한 사정이 없는 한’이라고 남겨 둔 경우
• 단순한 미신고에 그치지 않고 사기나 그 밖의 부정한 행위가 인정되어 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 10년 부과제척기간이 적용되는 경우

기록 대조 및 검토 사항

각 부가가치세 부과처분의 날짜를 7년과 10년의 부과제척기간에 대조하고, 법인세 부과처분은 10년의 쟁점이 제기되지 않았으므로 따로 다룹니다. 이어 부당이득징수처분이 정한 요양급여비용의 범위와, 17,415,801,080원에서 6,652,157,840원으로 감경된 내용과 그 금액이 실제로 납부되었는지를 확인하고, 각 사업연도 당시 시행되던 부가가치세법과 그 시행령, 국민건강보험법, 국세기본법의 어느 버전이 적용되는지 살핍니다. 실질과세 원칙의 주장은 조세 회피 목적에서 비롯된 명의와 실질의 괴리를 전제하므로 소외인이 원고를 어떻게 지배했는지에 관한 기록을 모읍니다.

판결 원문 발췌

판시사항

[1] 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역의 의미(=의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역) 및 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역이 이에 해당하는지 여부(소극) [2] 구 국민건강보험법 제57조 제1항의 입법 취지 및 위 조항에 따른 부당이득징수처분이 재량행위인지 여부(적극) / 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공한 의료보건 용역에 관하여 국민건강보험공단으로부터 이미 지급받은 요양급여비용에 대해 부당이득징수처분이 이루어진 경우, 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부(원칙적 소극) 및 이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지인지 여부(적극) [3] 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세 원칙의 의미 / 재산의 귀속명의자가 아닌 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람이 납세의무자로 되는 경우 [4] 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지 및 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 의미

판결요지

[1] 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조, 구 의료법(2020. 3. 4. 법률 제17069호로 개정되기 전의 것) 제33조 제2항, 제87조의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호가 규정한 부가가치세 면제 대상인 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 아니한다. [2] 구 국민건강보험법(2020. 12. 29. 법률 제17772호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항은 "공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이나 보험급여 비용을 받은 요양기관에 대하여 그 보험급여나 보험급여비용에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다."라고 규정하여 그 문언상 일부 징수가 가능함을 명시하고 있다. 위 조항은 요양기관이 부당한 방법으로 급여비용을 지급청구하는 것을 방지함으로써 바람직한 급여체계의 유지를 통한 건강보험 및 의료급여 재정의 건전성을 확보하려는 데 입법 취지가 있으나, 요양기관으로서는 부당이득징수로 인하여 이미 실시한 요양급여에 대하여 그 비용을 상환받지 못하는 결과가 되어 그 침익적 성격이 큰 점 등을 고려하면, 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 재량행위에 해당한다고 봄이 타당하다. 나아가 앞서 본 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분의 입법 취지와 법적 성격 등에 비추어 보면, 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공한 의료보건 용역에 관하여 국민건강보험공단으로부터 이미 지급받은 요양급여비용에 대해 부당이득징수처분이 이루어지더라도 특별한 사정이 없는 한 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다고 보아야 하고, 이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지이다. 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 당초의 의료보건 용역 공급 거래 이후에 별도로 이루어지는 제재처분으로서 국민건강보험공단의 재량에 의해 그 징수금액이 결정될 뿐 아니라, 위 처분 자체는 물론이고 그에 따른 부당이득징수금의 납부로 인하여 부가가치세 과세대상인 ‘의료보건 용역 공급 거래’의 효력이 소급적으로 상실되거나 그 공급가액이 감축된다고 평가할 수는 없기 때문이다. [3] 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 사람이 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다. [4] 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다.

주문

상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담한다.

참조조문

[1] 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제35조, 구 의료법(2020. 3. 4. 법률 제17069호로 개정되기 전의 것) 제33조 제2항, 제87조 / [2] 구 국민건강보험법(2020. 12. 29. 법률 제17772호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 / [3] 국세기본법 제14조 제1항 / [4] 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항(현행 제26조의2 제1항, 제2항 참조)