위탁연구개발비 세액공제의 직접수행 제한규정 적용시기

교차 계열 AI 독립 판독 및 축별 대조

8개 축 중 5개 축 일치 GPT-6 Astra (OpenAI, codex CLI) · 2026-10-25

다른 계열 AI(GPT-6 Astra)가 1차 판독을 보지 않고 원문만 읽은 독립 판독과 대조한 결과 8개 축 중 5개 축이 일치했고, 제4축(판단 기준의 형태), 제5축(판단 요소), 제6축(선례 관계)에서 읽기가 갈렸습니다.

원 응답과 대조 기록: 실행 조건 · 블라인드 판독 원본(JSONL) · 축별 대조 원본(JSONL) · SHA-256 목록(JSON)

심급별 판단 구조 및 선례 적용 범위(Distinguishing)

원심 판단과 대법원 법리의 대조

심급별 쟁점 배경: 원심인 부산고등법원 2021. 7. 7. 선고 2020누23216 판결은 이 사건 시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당한다고 보았습니다. 용역계약에 도급계약과 유사한 약정이 포함되어 있더라도 이는 수탁업체의 일반적인 의무조항에 불과하고, 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따른 손실의 위험성은 원고가 종국적으로 부담하므로 원고가 수탁업체에 지급한 13,702,402,670원은 연구개발의 결과물을 구입한 비용이 아니라 연구개발의 위탁비용이라고 판단했습니다. 그 결과 2011 내지 2014 사업연도 전액에 연구개발비 세액공제를 적용하여 이 사건 처분을 전부 취소했습니다.

대법원의 판단 기준: 대법원은 과학기술활동, 연구개발 위탁비용, 서비스활동의 판단 기준에 관한 원심 판단에 법리오해가 없다고 보아 나머지 상고이유는 기각했습니다. 다만 개정규정의 적용시기에 관하여 2013. 1. 1.에 개시하는 과세연도부터 적용된다고 보았으므로, 2013 및 2014 사업연도에 발생한 비용은 수탁업체의 전담부서 등이 직접 수행한 부분에 한정되어야 합니다. 원심이 수탁업체의 전담부서 등이 그 두 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지를 심리하지 않았으므로, 적용시기에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 않고 판단을 누락하였다는 이유로 2013 및 2014 사업연도 각 법인세 부분을 파기하고 부산고등법원에 환송했습니다.

선례 적용 시 구별할 사안의 경계(Distinguishing)

• 쟁점 비용 가운데 2013 또는 2014 사업연도에 발생하지 않은 부분인 경우, 개정규정은 2013. 1. 1.에 개시하는 과세연도부터 적용되기 때문입니다
• 수탁업체의 전담부서 등이 2013 및 2014 사업연도에 연구개발용역을 직접 수행한 것으로 드러나 해당 부분 전부가 개정규정의 한정에 드는 경우
• 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용으로, 원심과 대법원이 이 사건에서 배척한 지급인 경우

기록 대조 및 검토 사항

먼저 쟁점 비용을 사업연도별로 나눕니다. 개정규정은 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분에만 미치고 나머지 원심 판단은 유지되기 때문입니다. 이어 수탁업체 두 곳 가운데 어느 부서가 그 각 사업연도에 시스템 개발을 수행했는지, 그 부서의 업무가 지급 비용의 어느 정도를 차지하는지에 관한 기록을 모읍니다.

판결 원문 발췌

판시사항

[1] 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목 1)의 마)의 적용 시기 [2] 갑 주식회사가 2011년부터 2014년까지 수탁업체에 새로운 매매체결 시스템의 개발을 위탁하여 지급한 비용이 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상에 해당하는지 문제 된 사안에서, 위 시스템의 위탁개발은 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하고, 갑 회사가 수탁업체에 지급한 비용은 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 있으나, 수탁업체의 전담부서 등이 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목 1)의 마)가 적용되는 2013 및 2014 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지를 심리하지 않은 채 갑 회사가 수탁업체에 지급한 비용 전액에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 본 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례

판결요지

[1] 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령(이하 ‘2013년 개정 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호는 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항, 제9조 제2항 제1호의 위임에 따라 구 조특법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상이 되는 연구개발비의 범위를 ‘자체연구개발’과 ‘위탁 및 공동연구개발’로 나누어 규정하고 있는데, 위탁 및 공동연구개발의 경우에는 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 연구개발비 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있다. 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였다(이하 ‘개정규정’이라 한다). 한편 2013년 개정 조특법 시행령의 부칙 제2조 제1항은 "이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제11614호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다."라고 규정하고 있다. 그리고 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법의 부칙은 제1조에서 해당 법률의 시행일을 2013. 1. 1.로 규정하면서, 제2조 제1항에서 ‘이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.’고 규정하고 있다. 이러한 관련 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당하다. [2] 갑 주식회사가 2011년부터 2014년까지 수탁업체에 새로운 매매체결 시스템의 개발을 위탁하여 지급한 비용이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상에 해당하는지 문제 된 사안에서, 갑 회사가 수탁업체에 위탁하여 위 시스템에 필요한 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 개발하였고, 범용 소프트웨어 도구 등을 활용하여 기존 시스템의 기능을 일부 개선하거나 변경하는 것을 넘어 위 시스템의 알고리즘을 전면적으로 재설계하여 변경하였으며, 위 시스템 개발과정에서 수탁업체와 공동명의로 다수의 특허를 등록하였다는 등의 사정에 비추어, 위 시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당하고, 갑 회사가 수탁업체와 체결한 용역계약에 도급계약과 유사한 내용의 약정이 포함되어 있더라도 이는 통상의 용역계약에 포함되는 수탁업체의 일반적인 의무조항에 불과하여, 위 시스템 개발의 불확실성으로 인한 시행착오나 실패에 따르는 손실의 위험성은 여전히 갑 회사가 종국적으로 부담하고 있다는 등의 사정에 비추어, 갑 회사가 수탁업체에 지급한 비용은 연구개발의 결과물을 구입하기 위한 비용이 아닌 연구개발의 위탁비용으로 볼 수 있으나, 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되어 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목에서 일정한 요건을 갖춘 기관(이하 ‘위탁적격기관’이라 한다)에 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 구 조특법 제10조 제1항 제3호에 따른 연구개발비 세액공제의 적용대상 연구개발비로 규정하고 있고, 위 (나)목 중 1)의 마)는 위탁적격기관 중 하나로 종전에는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)’이라고 규정하던 것을 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)’으로 개정하였는데(이하 ‘개정규정’이라 한다), 관련 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 다른 조세법령 부칙의 입법례, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성 등을 종합하여 보면, 개정규정은 2013. 1. 1.부터 개시하는 과세연도 분부터 적용된다고 봄이 상당한바, 개정규정은 갑 회사의 2013 사업연도 분부터 적용되므로 수탁업체에 지급한 비용 중 2013 및 2014 사업연도에 발생한 부분은 개정규정에 따라 수탁업체의 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 연구개발비 세액공제의 적용대상이 된다고 봄이 타당함에도, 수탁업체의 전담부서 등이 2013 및 2014 사업연도에 위 시스템의 연구개발용역을 직접 수행하였는지를 심리하지 않은 채 갑 회사가 수탁업체에 지급한 비용 전액에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 본 원심판단에 개정규정의 적용시기 등에 관한 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.

주문

원심판결 중 2013 및 2014 사업연도 각 법인세 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

참조조문

[1] 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제1호(현행 제10조 제1항 참조), 제10조 제1항, 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1.) 제1조, 제2조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목(현행 제9조 제1항 [별표 6] 제1호 (나)목 참조), 조세특례제한법 시행령 부칙(2013. 2. 15.) 제2조 제1항 [2] 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제1호(현행 제10조 제1항 참조), 제5항(현행 제2조 제1항 제11호, 제12호 참조), 제10조 제1항, 조세특례제한법 부칙(2013. 1. 1.) 제1조, 제2조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6](현행 제9조 제1항 [별표 6] 참조), 조세특례제한법 시행령 부칙(2013. 2. 15.) 제2조 제1항